贮藏问题
由于水包水多彩涂料由分散相和连续相两部分组成，两相之间因为相对不溶才形成水包水多彩涂料的产品。但由于两者比重的差异或体系黏度控制不当，长时间贮存有时会出现分散相下沉连续相上浮现象，从而产生水性多彩涂料贮存后出现浮水分层现象。
龟裂问题
水包水多彩涂料虽然这种涂料具有抗龟裂的特性，但是它并不是单独使用就能实现装饰效果的，需要对墙面采用一系列合理的施工工艺，如选择抗裂性优异的找平砂浆、耐碱型增强材料、抗碱底漆、耐候性中间漆等。
施工设备问题
因为水包水多彩涂料对涂装设备有一定的腐蚀性和附着力，尤其是对铁制设备有一定的锈蚀作用，容易使输送管道的金属溶解，使分散微粒析出，涂膜产生麻点；且水包水多彩涂料对抗强机械作用力的分散稳定性差，输送管道内的流速急剧变化时，分散微粒被压缩成固态微粒，使涂膜产生麻点。
稳定效果问题
因为水包水多彩涂料中水的成分较高，而水的挥发强烈的依赖环境，在低湿度环境下，它可能干燥的很快有时会引起裂缝；在高湿度环境下，成膜过程将十分缓慢，容易造成涂料的松垂；再加上刚形成的涂料层常常对水很敏感，空气中的水蒸汽含量增加就会引起涂料褶皱。
